Saison 3 (2009)

La troisième saison a été diffusée du vendredi 19 juin 2009 au vendredi 25 septembre 2009⁵⁰.

Lors de cette édition, Rachel Legrain-Trapani, connue pour être la 77^e Miss France, participe au programme durant 48 heures sous le pseudonyme de Rosa⁵¹. Avant de faire son entrée dans la maison des secrets, elle doit subir un relooking total afin qu'aucun participant ne puisse la reconnaître. Cependant, à la suite d'une erreur de sa part en se présentant par mégarde sous son véritable prénom au lieu de son identité détournée, son secret est découvert. N'étant pas considérée comme une candidate à proprement parler, elle quitte la maison le jour même⁵².

Un autre habitant, à savoir Léo, a pour sa part été mis en isolement à l'issue d'une violente altercation lui ayant ensuite valu l'exclusion du jeu (par vote du restant des candidats). On note par ailleurs la présence du chien Saucisse qui a intégré l'émission avec le secret « J'ai été candidat à la mairie de Marseille »⁵³ et sous le surnom « Secret ».

La mort de Michael Jackson aura également marqué cette saison puisque, contrairement à la règle stipulant que les habitants doivent être coupés du monde et des événements qui s'y déroulent, la voix annonce aux candidats, durant la nuit du 26 juin 2009, que le chanteur est décédé à l'âge de 50 ans⁵⁴. Quelques candidats ont cependant appris la nouvelle en amont⁵⁵.

La voix de Secret Story remplace pour la première fois Benjamin Castaldi lors de la quotidienne du jeudi 10 septembre 2009 (en voix off à travers un écran posé sur le fauteuil central), le présentateur de l'émission étant atteint d'une grippe⁵⁶. Pour la même raison, les trois quotidiennes suivantes et le prime hebdomadaire du vendredi 11 septembre 2009 sont présentés par Nikos Aliagas, animateur de Star Academy sur TF1⁵⁷.

Cindy devient la première candidate du programme à parvenir à conserver son secret « Je suis bisexuelle » jusqu'à la dernière semaine de jeu tout en décrochant sa place en finale le soir même.

Lors de la dernière semaine d'aventure, l'ensemble des habitants éliminés font leur retour dans la maison pour 24 heures afin d'apporter leur soutien aux quatre finalistes⁵⁸. Par la suite, cet événement se généralisera aux éditions ultérieures en devenant un rendez-vous annuel^{N 3}.

Cette saison a été remportée par Émilie Nef Naf, dont le secret est que sa pire ennemie, Vanessa, était dans la maison^{N 4}. Avec 39 % des votes, elle a empoché la somme de 150 000 euros, en plus des 36 000 euros de sa cagnotte.